目前我国现行有效的会计制度共有三大序列：《企业会计制度2001》、《企业会计准则》和《小企业会计准则》，在进行税收检查时，稽查人员应当熟悉不同序列会计制度下账务处理流程。
1.《企业会计制度2001》是比较早的会计制度了，最早适用于除上市公司和股份公司以外的企业，比如一些国有的有限公司，目前还有不少企业适用。它对于建筑企业收入和成本确认的规定，与CAS15号建造合同准则是一脉相承的。
一是，“工程施工”科目下设“合同成本”和“合同毛利”两个明细科目，“合同成本”明细科目用来归集项目实际发生的成本，完工之前只有借方发生额没有贷方发生额，其借方余额代表项目自开工累计成本发生额，“合同毛利”明细科目反映项目的毛利（或亏损），借方余额表示盈利，贷方余额表示亏损。
二是，有一个非常特殊的科目“工程结算”，它是用来反映施工企业已完工程量被甲方或者监理认可的部分，同时对应确认为应收账款，项目完工之前本科目只有贷方发生额没有借方发生额，其贷方余额代表项目自开工累计甲方或者监理计量金额。需要住的是，这个科目与收入确认无关，与成本归集无关，只与甲方或者监理计量有关，且为不含增值税口径，它的对应科目是“应收账款”科目。
三是，资产负债表日，企业应根据完工百分比法确认当期收入和当期成本，差额计入“工程施工—合同毛利”。确认收入的会计分录是，借记“主营业务成本”科目，贷记“主营业务收入”科目，差额借记或者贷记“工程施工—合同毛利”科目，这个会计分录是最特殊的，目前仅仅存在于适用《企业会计制度2001》的建筑企业。
四是，工程竣工结算之前，“工程施工”与“工程结算”科目余额以净额在资产负债表中列示，正差（工程施工一级科目余额减除工程结算科目余额之差）列示为存货项目，负差列示为预收账款项目。工程竣工结算后，对冲“工程施工”与“工程结算”两个科目至余额为零，如果两者对冲以后不为零，说明一定存在会计差错。
2.《小企业会计准则》适用于在中华人民共和国境内依法设立的、符合《中小企业划型标准规定》所规定的小型企业标准的企业。符合《中小企业划型标准规定》所规定的微型企业标准的企业参照执行本准则。具体到建筑企业，适用《小企业会计准则》的企业可以界定为：营业收入小于6000万元或资产总额小于5000万元的建筑企业。
与《企业会计制度2001》相比，《小企业会计准则》的核算流程较为简单：
一是，“工程施工”科目下不设“合同成本”与“合同毛利”科目，实际发生的工程成本，直接计入“工程施工”科目借方，资产负债表日确认收入结转成本时，需要贷记“工程施工”科目。
二是，不设“工程结算”科目，年度资产负债表日之前，可以根据甲方或者监理的计量金额确认收入，借记“应收账款”科目，贷记“主营业务收入”等科目，但在年度资产负债表日需要按照完工百分比法进行调整。也就是说，季度预缴企业所得税的收入和成本可以根据甲方计量，但是年度汇缴所得税的收入和成本需要按照完工 百分比法进行调整。
3.《企业会计准则》适用于以上两种制度适用范围外的其他企业，2021年1月1日起，所有执行企业会计准则的企业，都已经全面执行CAS14号收入准则（新收入准则），与《企业会计制度2001》以及CAS15号建造合同准则相比，新收入准则的科目设置和核算流程都有特殊性。
一是，“合同负债”科目取代了“预收账款”科目，且合同负债为不含增值税口径。自业主收到预收款时，借记“银行存款”科目，贷记“合同负债”科目，差额贷记“应交税费——待转销项税额”或者“应交税费—应交增值税（销项税额）”或者“应交税费—简易计税”等科目。
二是，“合同履约成本”取代了“工程施工—合同成本”科目，且合同履约成本定期要结转至“主营业务成本”，不再设置“合同毛利”相关科目。这一点很像《小企业会计准则》。
三是，“合同结算”科目取代了“工程结算”科目，“合同结算”科目下设两个明细科目，“收入结转”和“价款结算”，分别用来核算确认收入对应的资产，以及验工计价对应的已完工程量。确认收入的分录是，借记“合同结算—收入结转”科目，贷记“主营业务收入”；验工计价的额分录是，借记“应收账款”科目，贷记“合同结算—价款结算”科目，差额贷记“应交税费——待转销项税额”或者“应交税费—应交增值税（销项税额）”或者“应交税费—简易计税”等科目。
同一工程项目的“收入结转”和“价款结算”明细科目在报表列示时可以抵消，余额在借方的，在资产负债表中的“合同资产”报表项目列示，余额在贷方的，在资产负债表中的“合同负债”报表项目列示，不同项目的“收入结转”和“价款结算”不得抵消。
以上三类现行会计制度在具体的会计科目运用方面有细微差别，但在当期收入和成本的确认金额方面，基本是一致的，这就体现了会计信息的可比性。《企业会计制度2001》和《小企业会计准则》规定的是完工百分比法，通常是以已发生成本占预计总成本的比例为计量指标；而《企业会计准则》体系下的新收入准则，允许以投入法和产出法两种方式计量履约进度，由此可能会产生税会差异。
